Tijdens de menstruatiecyclus worden prostaglandinen geproduceerd in het baarmoederslijmvlies (endometrium). Ze hebben verschillende effecten.

Prostaglandinen stimuleren de spieren in de baarmoederwand om samen te trekken. Deze samentrekkingen helpen om het opgebouwde slijmvlies en het onbevruchte eitje uit het lichaam te verdrijven.
Bij een overproductie van prostaglandinen kunnen de samentrekkingen te sterk worden, wat kan leiden tot (extreem) pijnlijke krampen tijdens de menstruatie, ook wel dysmenorroe genoemd. Dit is een veelvoorkomende oorzaak van menstruatiepijn.

Daarnaast zijn prostaglandinen betrokken bij ontstekingsprocessen, zoals eerder besproken. Ze bevorderen de bloedtoevoer naar het baarmoederslijmvlies en helpen bij het afbreken ervan tijdens de menstruatie. Dit proces kan echter ook bijdragen aan pijn en zwelling.
Bij endometriose gaat dit vaak gepaard met pijnklachten en krampen.

Bepaalde prostaglandinen veroorzaken vaatvernauwing in de bloedvaten van de baarmoeder. Hierdoor wordt het bloedverlies gereguleerd, maar een teveel aan prostaglandinen kan leiden tot overmatige vaatvernauwing. Dit kan hevige krampen veroorzaken en de pijnklachten bij endometriose verergeren, vooral wanneer er sprake is van endometriose in de spierlaag van de baarmoederwand (adenomyose).

Prostaglandinen beïnvloeden niet alleen de baarmoeder, maar kunnen ook effecten hebben op andere delen van het lichaam, zoals de darmen. Ze kunnen de darmactiviteit stimuleren, wat bij sommige vrouwen leidt tot diarree of andere spijsverteringsproblemen tijdens de menstruatie.

Daarnaast kunnen prostaglandinen bij sommige vrouwen bijdragen aan hoofdpijn of migraine rond de menstruatie.